W warunkach prawidłowych: nerki, moczowody, pęcherz moczowy powinny być jałowe,  podobnie mocz. Natomiast cewka moczowa stosunkowo często jest skolonizowana drobnoustrojami pochodzącymi od partnera/partnerki lub z odbytu.

Zakażenie następuje najczęściej drogą wstępującą, czyli z cewki moczowej na wyższe partie.

Szczególnym przypadkiem infekcji są te wywołane drobnoustrojami atypowymi: Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp.  W przypadku tych drobnoustrojów konieczna jest specjalna diagnostyka, tradycyjne podłoża nie umożliwiają uzyskania prawidłowego wyniku.